L'identification des principales espèces de Clostridium se fait par les galeries d'identification rapide. Il est difficile d'identifier certaines espèces du genre Clostridium sans chromatographie en phase liquide. Parmi les bacilles non sporulés, les propionibactéries, lorsqu'elles sont incriminées dans une pathologie (excluant une contamination cutanée du prélèvement), et les Actinomyces doivent être identifiés. La taxonomie a fait éclater le genre Eubacterium en de nombreux genres. L'identification délicate de ces bactéries ne s'impose pas.

Enfin, parmi les Peptostreptococcus, très fréquemment présents dans les infections mixtes, seul Peptostreptococcus anaerobius subsiste dans ce genre, les autres espèces se retrouvent dans des genres nouveaux : certains produisent de l'acide butyrique en fermentant (Anaerococcus) ou ne fermentant aucun sucre (Peptoniphilus), d'autres ne produisent que de l'acide acétique, ils appartiennent aux genres Finegoldia, Micromonas et Gallicola.

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