Une naissance prématurée a un impact certain sur le métabolisme endocrinien. Au niveau du métabolisme glucidique, les réserves en glycogène étant limitées et le développement du tissu adipeux étant insuffisant, le nouveau-né prématuré est à haut risque d'hypoglycémie durant les premières heures de vie. Secondairement, des épisodes d'hyperglycémie peuvent survenir durant les premières semaines de vie. L'hyperglycémie reflète essentiellement une réponse inadéquate insulinique au stress périnatal par un déficit relatif ou une certaine résistance à l'insuline. Son traitement repose parfois sur l'administration intraveineuse d'insuline. La prématurité a également un impact sur le métabolisme thyroïdien du fait de l'immaturité de l'axe hypothalamohypophysaire et de la fonction thyroïdienne dont la sévérité est inversement proportionnelle à l'âge gestationnel. Le nouveau-né prématuré risque de présenter une hypothyroxinémie transitoire, nécessitant une supplémentation thyroïdienne. Cependant, une supplémentation systématique et préventive des nouveau-nés prématurés n'est actuellement pas recommandée. La prématurité est également un facteur de risque d'insuffisance surrénalienne par immaturité de la glande surrénale et des enzymes nécessaires à la synthèse du cortisol, l'axe hypothalamohypophysaire ayant été inhibé par le cortisol maternel. La relation entre insuffisance surrénalienne et hypotension artérielle a été établie et un traitement par hémisuccinate d'hydrocortisone peut être recommandé en cas d'hypotension artérielle avérée et significative chez le nouveau-né prématuré.