Les mycobactéries atypiques sont des mycobactéries non strictement pathogènes pour l'homme. On les retrouve essentiellement dans l'environnement (eau, terre). Les principales mycobactéries atypiques en France sont Mycobacterium avium complex (MAC), Mycobacterium xenopi, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium abscessus. Les infections à mycobactéries atypiques surviennent essentiellement chez des patients ayant une pathologie pulmonaire sous-jacente, en particulier la bronchopneumopathie chronique obstructive, les bronchectasies et les pneumoconioses. L'incidence des infections à mycobactéries atypiques est estimée en Europe à un cas pour 100 000 personnes/année. L'isolement d'une mycobactérie atypique n'est pas synonyme d'infection. Pour considérer un patient comme infecté, celui-ci doit présenter une symptomatologie clinique et radiologique compatible et avoir au moins deux prélèvements respiratoires positifs en culture. Tous les diagnostics plus plausibles que l'infection à mycobactérie atypique doivent avoir été éliminés. Le risque d'avoir une réelle infection lorsque l'on a un prélèvement positif est évalué entre 25 et 50 %. Une fois le diagnostic fait, le clinicien doit décider de la mise en place ou non d'un traitement. Pour MAC, la molécule-clé est la clarithromycine, que l'on associe habituellement à la rifampicine et l'éthambutol. Pour M. kansasii, la molécule-clé est la rifampicine, classiquement associée à l'isoniazide et l'éthambutol. Pour M. xenopi, le traitement optimal est mal connu et les recommandations actuelles proposent clarithromycine, rifampicine, éthambutol, avec possibilité de remplacer l'un des antibiotiques par la moxifloxacine. Pour M. abscessus, la prise en charge est difficile, basée sur l'antibiogramme et une discussion avec un centre de référence. La prise en charge des infections à mycobactéries atypiques est difficile et nécessite d'abord la confirmation du diagnostic avant de discuter d'un éventuel traitement et de ses modalités.