La présence de communautés bactériennes complexes sur la plupart des épithéliums, y compris ceux des voies respiratoires inférieures, a été mise en évidence ces vingt dernières années grâce à l’avènement des techniques de séquençage haut débit. Ce microbiote existe probablement dès la rupture de la poche des eaux et se modifie au cours de la croissance. Beaucoup de facteurs affectent sa composition : hérédité, mode de naissance, régime alimentaire, vieillissement. Il interagit avec le microbiote digestif mais également avec le microbiote cutané et celui de l’oropharynx. Les études sur modèle animal et notamment murin nous montrent que ces interactions interviennent dans l’immunité pulmonaire innée et la modification de la réponse inflammatoire. Les comparaisons du microbiote d’enfants avec et sans pathologie pulmonaire montrent qu’il existe une différence. L’analyse des changements quantitatifs et qualitatifs du microbiote est une avancée dans la compréhension des maladies pulmonaires chroniques et offre des perspectives thérapeutiques.

In the last 20years, culture-independent DNA-based techniques (“shotgun sequencing”) demonstrated that complex microbial communities reside on most epithelial surfaces, including the lower airways. Until the amniotic sac ruptures, a fetus is considered to be essentially sterile. Many factors affect the composition of the lung microbiota: inheritance, mode of delivery, diet, and age-related changes in adults. It interacts with the digestive and oropharyngeal microbiotas. Animal models show that these interactions play a role in innate pulmonary immunity and modulation of the inflammatory response. The microbial composition of the airway microbiota differs between healthy children and those with chronic lung disease. The advances in the comprehension of microbiome changes have resulted in new approaches concerning the microbiota for treatment and prevention of disease.