Les pneumopathies aiguës recouvrent des contextes cliniques variés et les étiologies bactériennes impliquées le sont tout autant. Aucun outil microbiologique n’est 100 % sensible ni 100 % spécifique et malgré les investigations, plus de 30 % des pneumopathies restent sans étiologie identifiée. Si aucun prélèvement n’est indiqué pour les patients traités en ambulatoire, les prélèvements respiratoires non invasifs sont à privilégier pour les pneumopathies aiguës hospitalisées (communautaires ou associées aux soins), tandis que les prélèvements invasifs sont indiqués en seconde ligne pour les pneumopathies aiguës communautaires en réanimation, et en première ligne pour les pneumopathies aiguës de l’immunodéprimé. La culture microbiologique garde une place importante, à condition que le malade soit prélevé avant instauration de l’antibiothérapie. Certains contextes peuvent justifier le recours aux hémocultures, à la recherche d’antigènes urinaires ou aux sérologies. Les PCR rendent déjà service au quotidien mais l’avenir à court terme appartient probablement aux panels moléculaires multiplex capables de détecter de nombreux micro-organismes en quelques heures, surtout dans les pneumopathies communautaires sévères de réanimation et les pneumopathies aiguës de l’immunodéprimé. Le séquençage nucléotidique haut débit révolutionnera bientôt le diagnostic microbiologique, en pneumologie comme dans les autres domaines de l’infectiologie.

Acute pneumonias occur in a variety of clinical settings and accurate identification of bacterial causes is extremely important. No microbiological tool is either 100 % sensitive or 100 % specific, and despite investigations, aetiology remains unanswered in more than 30 % of pneumonia. No sample may be necessary for patients treated as outpatients, non invasive respiratory specimens are preferred in hospitalised individuals (community or healthcare associated), while invasive specimens are used as second line for community acquired pneumonia (CAP) in intensive care, and in the first line where pneumonia occurs in immunosuppressed patients. Bacterial cultures have an important place, if the sample is taken before the introduction of antibiotic therapy. Some contexts may justify the use of blood cultures, testing for urinary antigens or serology. PCR is already becoming available as a daily service but the short-term future probably belongs to molecular multiplex panels capable of detecting many microorganisms within hours, especially in severe CAP resuscitation and in pneumonia in the immunosuppressed. High-throughput sequencing nucleotide techniques will soon revolutionize microbiological diagnosis in respiratory medicine, as in other areas of infectious diseases.