La maladie de Whipple peut simuler durablement une spondylarthrite (SpA), ou une polyarthrite rhumatoïde (PR), jusqu’à induire, exceptionnellement, des anti-CCP. Tropheryma whipplei peut survivre à bas bruit, même au sein des macrophages, en bloquant le processus de xénophagie (variété d’autophagie dédiée à l’élimination des agents infectieux intracellulaires). D’autres rhumatismes inflammatoires pourraient également résulter de xénophagies défaillantes, à l’origine d’un portage chronique de bactéries ou virus capables de re-migrer des muqueuses vers les articulations/enthèses, voire d’y perturber la réponse immune sans même s’y multiplier. La xénophagie interfère en effet avec le chargement des peptides (dont du soi) sur les molécules HLA. Elle induit aussi la citrullination, qui accélère la clairance des agents infectieux mais peut contribuer à des ruptures de tolérance. Les germes réagissent à la citrullination en adoptant un état dormant. Ceci incite à rechercher dans les PR et SpA des défauts de la xénophagie permettant des migrations de germes dans les articulations/enthèses, voire leur persistance à l’état dormant. Des anomalies de l’autophagie ont de ce fait été observées au sein des synoviocytes fibroblastiques de PR, corrélées à une citrullination de la vimentine, de l’alpha-enolase et de la filaggrine, cibles des autoanticorps spécifiques des PR. La participation d’un processus de métastases septiques en provenance de muqueuses à l’initiation des rhumatismes inflammatoires expliquerait mieux que des réactions purement auto-immunes (clones T ou B, autoanticorps) la distribution inhomogène des arthrites, leur début parfois palindromique (comme dans la maladie de Whipple), ainsi que la survenue de poussées, et la possibilité d’échappement aux traitements immunomodulateurs.