Le diagnostic microbiologique des tuberculoses pulmonaires (TBp), repose toujours, en 2019, sur un algorithme fastidieux laissant peu de place aux outils de biologie moléculaire (BM). L’objectif de cette étude est d’évaluer la performance des principaux tests microbiologiques utilisés dans un centre tertiaire à forte incidence de TB et d’établir un état des lieux permettant de définir une stratégie diagnostique optimale.

Analyse rétrospective mono-centrique des résultats microbiologiques provenant de prélèvements bronchopulmonaires des patients avec culture positive à M. tuberculosis complex sur une période de 3 ans (1^er janvier 2015 au 31 décembre 2017) : évaluation des performances diagnostiques du 3^e tubage gastrique ou BK-crachat (BKc), de la fibroscopie bronchique (FB), du BKc post-FB, ainsi que de la BM (geneXpert MTB/RIF).

Un total de 307 patients ont eu au moins une culture positive à M. tuberculosis complex à partir de prélèvements broncho-pulmonaires, dont 11 diagnostics fortuits au cours d’une FB réalisée pour une autre indication. Après leur exclusion, 296 patients ont été inclus dans l’étude dont 139 étaient bacillifères (47 %). Le 3^e BKc a permis un diagnostic supplémentaire pour 4 % des TB bacilliformes et 11 % des non bacilliformes. Les performances de l’examen direct (ED) n’étaient pas affectées par une stratégie réalisant le 2^e BKc le même jour que le 1^er BKc (fin de matinée) ou le lendemain (au réveil, p=0,9). De même, les performances des cultures pour les patients non bacillifères n’étaient pas significativement différentes selon la stratégie (p=0,3). La médiane de positivité des cultures en milieu liquide était plus précoce chez les patients bacillifères (6j [4 ; 8]) que chez les non-bacillifères (16j [12 ; 20] p<0,001). La FB associée à un BKc post-FB après négativité de l’ED des 3 premiers BKc permettait, dans notre cohorte, un diagnostic pour 7 patients de plus par ED positif, et 3 autres par culture (3,4 % de la cohorte totale). La recherche de TB par BM a été effectuée après discussion clinico-biologique chez 61 patients non bacillifères, permettant un diagnostic précoce dans 39 cas (64 %). De façon notable, parmi les PCR positives (parmi les TBp), 14 provenaient d’échantillons non-pulmonaires (ganglionnaire, LCR…), soulignant l’intérêt de la BM sur les prélèvements non-pulmonaires pour le diagnostic de TBp.

Notre série a permis de mettre en évidence :

– un raccourcissement possible du délai entre les prélèvements sans impact négatif ;

– un prélèvement profond (FB) permet une rentabilité diagnostique supplémentaire non négligeable pour les patients non bacillifères (3,4 %) ;

– la contribution intéressante de la BM sur différents types de prélèvements, en ciblant bien les fortes suspicions de TBp pour un meilleur rapport coût-efficacité.