Le terme de microbiote intestinal désigne les communautés de micro-organismes qui résident ou transitent dans le tube digestif. Des rôles majeurs en physiologie et pathologie viennent de lui être découverts grâce à des outils de biologie moléculaire et des transferts de microbiote chez l'animal. Ses fonctions sont pour beaucoup bénéfiques (symbiose) : effet de barrière contre les pathogènes, immunomodulation, métabolismes divers, et actions sur la trophicité, la perméabilité et la motricité intestinales. On comprend de mieux en mieux les mécanismes écologiques de ses déséquilibres (dysbioses). Des dysbioses, parfois très spécifiques, sont observées au cours des troubles digestifs liés aux antibiotiques, de l'intestin irritable, de maladies inflammatoires de l'intestin mais aussi au cours de maladies extradigestives. Une manipulation du microbiote à des fins curatives ou préventives est possible en utilisant des micro-organismes probiotiques, des substrats prébiotiques ou la transplantation de microbiote fécal. L'automédication est fréquente dans ce contexte mais les applications médicales de ces progrès récents ne sont pas encore nombreuses et les prescripteurs doivent garder la rigueur de la médecine fondée sur les preuves.