Le traitement de nombreuses maladies héréditaires du métabolisme (MHM) repose sur la « thérapie nutritionnelle », utilisant des stratégies diététiques spécifiques. On peut schématiquement distinguer deux groupes de MHM accessibles à un traitement diététique : 1) les maladies de type « intoxication » où le sujet s'intoxique de façon aiguë ou chronique du fait de l'accumulation d'un ou de plusieurs métabolites toxiques en amont du bloc enzymatique. La thérapie nutritionnelle vise à limiter ou exclure les précurseurs toxiques et à les remplacer par des substituts ; 2) les maladies de type « déficit énergétique ». Dans ce groupe, les maladies, dont la pathogénie est liée à des hypoglycémies, sont accessibles au traitement diététique qui vise à pallier le défaut énergétique par un autre apport énergétique. Un régime hypoprotidique nécessite une classification des aliments en fonction de leur composition en protéines, mais aussi en fonction de leur valeur nutritionnelle globale. Certains aliments sont autorisés à volonté car ils n'apportent pas de protides, d'autres sont interdits, car ils sont trop riches en protides, et d'autres sont autorisés en quantités contrôlées : ce sont ces derniers qui apporteront les protides en quantité limitée, mais indispensable au développement de l'enfant. Le régime hypoprotidique doit être accompagné d'aliments hypoprotidiques qui sont des compléments indispensables pour assurer un apport énergétique suffisant, d'un mélange d'acides aminés spécifique à chaque maladie et d'une supplémentation en minéraux, vitamines et oligoéléments. Le principe est le même pour la galactosémie et la fructosémie, avec des listes d'aliments autorisés ou interdits. Les glycogénoses de type I, les plus fréquentes et qui exposent au risque d'hypoglycémie sévère de jeûne court, nécessitent l'apport régulier de glucose, toutes les 2 à 3 heures dans la journée et par nutrition entérale nocturne chez le nourrisson et le petit enfant. Le régime consiste donc à assurer un débit glucidique suffisant dans les premiers mois de vie. Pour les déficits de l'oxydation des acides gras (AG) à chaînes longues, il faut limiter les lipides toxiques et les remplacer par d'autres lipides et par des glucides. Ces alimentations contrôlées nécessitent une éducation familiale régulière.