Les calculs médicamenteux représentent 1 à 2 % de l'ensemble des calculs. Les médicaments responsables peuvent être divisés en deux catégories. La première comporte les médicaments à forte excrétion urinaire et peu solubles qui cristallisent dans les urines, entraînant calculs et/ou insuffisance rénale. À ce groupe appartiennent essentiellement des antiseptiques, antibiotiques et antiviraux, au premier rang desquels les antirétroviraux utilisés dans le traitement du sida, en particulier l'atazanavir. Viennent ensuite des sulfamides, notamment la sulfadiazine, la sulfasalazine et le sulfaméthoxazole, les conséquences cristallogènes de ce dernier étant assez limitées. Au total, une vingtaine de molécules sont capables d'induire la formation de calcul ou de participer à la croissance de calculs préexistants. C'est le cas de la ceftriaxone, de la guaïfénésine ou de certains compléments alimentaires à base d'acide tartrique. Il s'agit souvent de traitements à forte dose ou utilisés au long cours. Tous ces médicaments sont identifiables par une analyse physique des calculs en spectrophotométrie infrarouge ou diffraction des rayons X. La seconde catégorie de lithiases médicamenteuses résulte des effets métaboliques de traitements prescrits au long cours ou de façon répétée pour différentes affections chroniques. Parmi ces médicaments figure au premier plan la prise de vitamine D à forte dose associée à des apports en calcium élevés. Viennent ensuite les inhibiteurs de l'anhydrase carbonique utilisés dans le traitement du glaucome ou de l'épilepsie. Les principales molécules concernées sont l'acétazolamide et le topiramate. Ici, le diagnostic étiologique repose sur l'anamnèse. L'interrogatoire des patients sur leurs antécédents pathologiques joue un rôle déterminant. Bien entendu, la nature du calcul peut orienter vers certains types de traitement. En plus des effets propres au médicament, des facteurs de risque individuels liés au patient peuvent favoriser la lithogenèse ou l'aggraver, comme le pH urinaire, le volume de diurèse ou la présence d'anomalies métaboliques indépendantes du traitement.