La cristallurie est définie par la présence de cristaux dans l'urine. Plusieurs dizaines d'espèces cristallines différentes ont été décrites et, bien que leur présence ne soit pas nécessairement le reflet d'une pathologie, celles-ci témoignent d'une sursaturation urinaire qui peut être associée à la formation de calculs rénaux ou au développement d'une néphropathie cristalline. La cristallurie a une place diagnostique essentielle chez les patients lithiasiques car l'analyse biochimique de l'urine ne permet de prendre en compte que quelques facteurs de risque de lithiase, et l'analyse des calculs n'est pas toujours disponible. L'étude de la cristallurie permet le diagnostic de maladies génétiques héréditaires conduisant à l'insuffisance rénale que les techniques biochimiques usuelles ne détectent pas (cystinurie, néphropathie à 2,8-dihydroxyadénine, xanthinurie, etc.). Par ailleurs, la cristallurie est le reflet de l'activité lithogénique au moment de l'analyse et permet le suivi au long cours des patients lithiasiques, sa valeur pronostique dans la récidive de la maladie lithiasique a été établie. Enfin, dans un contexte d'insuffisance rénale aiguë, la cristallurie permet le dépistage rapide de néphropathies cristallines, notamment d'origine médicamenteuse. Outre la reconnaissance de la nature des cristaux par un observateur expérimenté, l'étude d'une cristallurie intègre la mesure du pH urinaire, essentielle pour l'analyse, la description des différents faciès cristallins, leur nombre, leur taille et le volume cristallin global, qui ont tous une valeur diagnostique. L'aspect préanalytique est essentiel, l'analyse de la cristallurie devant être effectuée le plus souvent sur des urines fraîches, idéalement la première miction du matin qui doit être étudiée dans les deux heures qui suivent l'émission d'urine. Malgré cette contrainte, l'analyse de la cristallurie a une valeur diagnostique et pronostique telle qu'elle devrait être systématique en cas de pathologie cristalline urinaire.