Las colitis microscópicas (CM), variantes colágena (CC) y linfocítica (CL), constituyen una entidad patológica que causa diarrea secretoria crónica con un colon endoscópicamente normal. El diagnóstico es histológico y se obtiene mediante el examen de biopsias de colon escalonadas. La CC se define por un engrosamiento por colágeno de la membrana basal epitelial superior de 10 μm, y la CL, por un aumento de la proporción de linfocitos intraepiteliales (LIE) superior a 20 por cada 100 células epiteliales. Recientemente, se ha definido una tercera entidad en pacientes sintomáticos, la colitis microscópica incompleta (CMi), que se caracteriza, o bien por un engrosamiento por colágeno de la membrana basal epitelial insuficiente para establecer el diagnóstico de CC, o bien por un aumento del número de LIE insuficiente para establecer el diagnóstico de CL. La incidencia anual de las CM está en aumento constante y su prevalencia varía entre el 10-14% de los pacientes con diarrea de más de 3 semanas de evolución y un colon endoscópicamente normal. El cuadro clínico de las CM es muy similar al del síndrome del intestino irritable con diarrea. Una causa farmacológica y un contexto disinmunitario son los principales factores que se asocian a las CM; se ha observado una asociación preferente con la enfermedad celíaca. Aunque pueden presentarse complicaciones poco frecuentes durante su evolución, las CM son enfermedades benignas cuya evolución hacia la remisión es posible. Desde el punto de vista terapéutico, es necesario, en primer lugar, descartar una causa farmacológica; en este caso, la interrupción del fármaco permite curar la colitis y descartar una posible enfermedad celíaca asociada. En los demás casos, la budesonida es el tratamiento de elección para las formas más graves resistentes a los tratamientos sintomáticos usuales.