La numération des sous-populations lymphocytaires T (incluant les T CD4⁺ et les T CD8⁺), B et NK est aujourd'hui un examen de routine, largement utilisé dans les laboratoires de biologie médicale. Les indications sont larges : suivi des patients VIH, suivi de la reconstitution immunitaire post-greffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH), suivi des patients traités par immunosuppresseurs, diagnostic des déficits immunitaires, hyperlymphocytose, entre autres. La méthodologie utilisée repose sur la cytométrie en flux, technique semi-automatisable, voire maintenant parfois complètement automatisée pour ce type d'analyse simple. Cet examen permet notamment le décompte rapide et fiable, ainsi que l'analyse, des différents lymphocytes sanguins marqués par des anticorps fluorescents. Des normes établies dans le laboratoire, en fonction de l'âge, permettent une interprétation correcte de l'examen, et ce vis-à-vis des proportions de chaque population, mais surtout en fonction de leur valeur absolue. Majoritairement développée pour le sang, cette analyse permet également de réaliser le phénotypage lymphocytaire dans divers liquides biologiques : lavage bronchoalvéolaire (LBA) et liquide cérébrospinal (LCS) principalement.