Depuis son émergence en décembre 2019 jusqu’à la fin de la quatrième vague pandémique en octobre 2021, la circulation du SARS-CoV-2 a été associée à des évolutions moléculaires significatives du virus. Ces évolutions ont été la conséquence de mutations qui ont entraîné l’apparition de lignages présentant des avantages réplicatifs, tant par augmentation de leur transmissibilité que du fait d’un échappement partiel à la réponse immunitaire progressivement croissante. Le contexte pandémique, avec des bouffées épidémiques massives observées dans des zones de forte densité de population, a incontestablement créé des conditions favorables à l’apparition de ces « variants ». Durant ces vingt mois, au moins trois périodes évolutives peuvent être identifiées, conduisant à la situation observée en octobre 2021. C’est la première fois qu’un effort sans précédent est fait pour surveiller les virus circulant à l’échelle planétaire de manière transparente et avec un partage de données rapide. Cette surveillance moléculaire a permis la description précise des virus circulant et de leur évolution. Les outils et moyens déployés pour faire l’épidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2 reflètent incontestablement une montée en puissance de la capacité d’analyse à l’échelle planétaire, et peuvent nous permettre d’être mieux préparés pour le prochain épisode pandémique.

From its emergence in December 2019 and until the end of the fourth pandemic wave in October 2021, SARS-CoV-2 circulation has been associated with significant molecular evolutions of the virus. These were linked to mutations that have led to new virus linages with replication advantages as a result of increased transmission, or partial immune escape in the context of progressively increasing global immunisation. The pandemic context with large scale epidemics massive outbreaks observed in highly populated areas has favoured this emergence of “variants”. During the 20 months period, at least three evolutionary phases have been observed, leading to the situation observed in October 2021. For the first time, an unprecedented worldwide surveillance effort has been conducted to monitor the circulation of the emerging virus, with rapid data sharing. This molecular surveillance system has provided an accurate description of the circulating viruses, and their evolution. The implementation of these tools and skills able to provide SARS-CoV-2 molecular epidemiological data has upgraded the global capacity for surveillance worldwide, and may allow us to be better prepared for a future pandemic episode.