Les infections fongiques les plus fréquentes sont les atteintes des ongles et de la peau. En raison de leur polymorphisme clinique, les atteintes des ongles sont souvent diagnostiquées par excès et celles de la peau par défaut. Dans le premier cas, cela conduit à une prescription prolongée d'antifongiques systémiques, non dénués de toxicité hépatique ou sanguine, et, dans le deuxième cas, à une prescription locale de corticoïdes avec, pour le moins, une flambée de l'infection, et au pire, une pénétration du champignon dans le derme rendant la lésion méconnaissable (tinea incognita). C'est pour éviter ces écueils qu'au moindre doute le prélèvement est indispensable. Alors que pour les dermatophytes la présence du champignon au sein de la lésion signe le diagnostic, pour les levures, en raison de leur caractère commensal, le diagnostic ne peut être établi sur cette seule présence (sauf pour Candida albicans, toujours absent de la peau). Les mycoses superficielles sont des infections favorisées par des facteurs locaux (microtraumatismes, macération due à une hygiène déficitaire) ou généraux (diabète, antibiothérapie, immunodépression primaire ou secondaire). Ces facteurs doivent être systématiquement recherchés et pris en compte afin d'assurer l'efficacité du traitement et l'absence de récidive. Les mycoses superficielles sont des infections généralement bénignes, hormis pour les patients diabétiques, immunodéprimés, chez qui elles peuvent être à l'origine de graves complications bactériennes (érysipèle, cellulite) ou fongiques (candidose disséminée).