La calprotectine est une protéine de liaison au calcium et au zinc appartenant à la famille des protéines S100 retrouvée essentiellement dans le cytoplasme des polynucléaires neutrophiles. Elle est caractérisée par des fonctions antimicrobiennes liées à sa capacité de liaison des cations divalents et de régulation de la réponse immunitaire. Après libération dans le milieu extracellulaire, elle se retrouve dans les différents compartiments biologiques, notamment les selles, avec une concentration proportionnelle au degré d'inflammation de la muqueuse intestinale. Sa concentration fécale est alors corrélée à l'activité clinique et endoscopique des maladies inflammatoires de l'intestin. Le dosage de la calprotectine fécale est, de ce fait, devenu un marqueur validé pour discriminer entre les processus fonctionnels, tel le syndrome de l'intestin irritable, et organiques intestinaux. Il permet de suivre le degré d'inflammation intestinale avec une valeur prédictive négative élevée pour exclure un diagnostic de maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI) chez les patients symptomatiques et une sensibilité forte pour le diagnostic de ces maladies, qu'il s'agisse de la maladie de Crohn (MC) ou de la rectocolite hémorragique (RCH). Ce dosage va ainsi permettre, d'une part, d'identifier les patients requérant la réalisation d'examens complémentaires à type d'endoscopie pour affirmer le diagnostic de MICI et, d'autre part, d'évaluer le degré d'activité de la maladie et la réponse thérapeutique en fournissant des preuves de rechute ou de cicatrisation muqueuse, ce qui va conduire à intensifier, à réduire ou à modifier le traitement. Cependant, la calprotectine reflète seulement l'inflammation de la muqueuse. Il ne s'agit donc pas d'un marqueur spécifique des MICI et des concentrations fécales élevées sont également retrouvées dans d'autres pathologies à composante inflammatoire telles que les entérites infectieuses ou le cancer colorectal. L'interprétation du dosage va devoir donc tenir compte du contexte clinique propre à chaque patient.