Le crâne humain est formé du neurocrâne, entourant le système nerveux central, et du viscérocrâne, entourant les voies aérodigestives supérieures. Cet article se concentre sur le développement du neurocrâne. Le neurocrâne humain est formé d'une base et d'une voûte. La base du crâne est la région du neurocrâne qui se forme selon un mécanisme d'ossification endochondrale. La voûte du crâne est la région du neurocrâne qui se forme selon un processus d'ossification membraneuse. De nombreux modèles animaux ont été utilisés pour comprendre le développement du neurocrâne, mais nos connaissances actuelles sont encore insuffisantes pour expliquer les principales malformations craniofaciales et pour contribuer à une meilleure prise en charge des patients. Nous avons cependant beaucoup progressé dans le domaine de l'étude du développement craniofacial durant les 30 dernières années et d'importantes innovations dans nos pratiques se profilent dans les prochaines décennies. Il reste quelques défis majeurs à relever pour améliorer la prise en charge des patients présentant ces malformations. En effet, seule la construction de larges bases de données cliniques permettra de répondre aux questions de l'origine génétique de la variabilité des phénotypes, question à laquelle la recherche de mutations ponctuelles n'apporte qu'une réponse très partielle. Ces bases de données, combinant des éléments génomiques et cliniques, pourront contribuer à l'établissement de corrélations génotype/phénotypes avancées et produire des modèles prédictifs incluant progressivement des mécanismes se rapprochant des processus à l'origine de ces malformations. Ces modèles pourront alors permettre aux praticiens d'établir des plans de traitement individuels pour les patients porteurs de malformations, et de progresser dans la découverte de thérapies pharmacologiques ciblées.