D’origine souvent infectieuse, méningites et encéphalites (ME) sont associées à une morbidité et une mortalité importante. Les manifestations cliniques ne sont pas spécifiques de l’agent causal et difficiles à objectiver chez le nouveau-né. Un diagnostic précoce, rapide et précis est crucial pour permettre un traitement probabiliste adapté puis des ajustements axés sur l’étiologie et ainsi minimiser les complications. Le diagnostic biologique traditionnel comprend l’analyse du liquide cérébrospinal (LCS) par numération de globules blancs, coloration de Gram, dosages de glucose et de protéines, et pourra être complété par d’autres marqueurs biochimiques (lactates). La procalcitonine sérique est également à considérer. Virus et bactéries seront recherchés dans le LCS, classiquement par PCR virale pour les premiers et par culture pour les secondes. Ces dernières années, le diagnostic des infections du LCS est passé d’une approche conventionnelle à une approche syndromique basée sur des tests moléculaires qui détectent simultanément la présence de plusieurs agents pathogènes (viraux, bactériens, champignons et parasites). La prochaine étape pourrait être une approche métagénomique avec intégration des données de l’hôte permettant une prise en charge personnalisée des patients.

Meningitis and encephalitis (ME), often of infectious origin, are associated with substantial morbidity and mortality. Clinical manifestations are not specific for the causative agent and difficult to evidence in newborns. Early, rapid, and accurate diagnosis is crucial to enable appropriate probabilistic treatment, etiology-driven adjustments, and to minimize complications. Traditional biological diagnosis includes analysis of cerebrospinal fluid (LCS) by white blood cell count, Gram staining, glucose and protein levels, and may be supplemented by other biochemical markers (lactates) and serum procalcitonin.Viruses and bacteria will be sought in the LCS, conventionally by viral PCR for the former and by culture for the latter. In recent years, the diagnosis of CSF infections has moved from a conventional approach to a syndromic approach based on molecular tests that simultaneously detect the presence of several pathogens (viral, bacterial, fungi and parasites). The next step could be a metagenomic approach with integration of host data allowing personalized patient management.