Le rôle des cellules B dans le lupus érythémateux systémique (LES) est connu depuis longtemps. Dans une nouvelle approche holistique, nous avons utilisé les données multi-omiques du consortium européen PRECISESADS afin d’établir un lien entre les modifications du transcriptome des cellules B de patients atteints de LES et celles de leur macroenvironnement, en incluant les composants cellulaires et fluidiques. L’objectif est d’identifier les altérations métaboliques spécifiques des lymphocytes B en relation avec le milieu environnant metabolomique au moyen d’une approche multi-omique. Il s’agit de permettre de développer une médecine de précision grâce à une compréhension globale des changements métaboliques pathologiques.

L’analyse a porté sur 363 patients et 508 témoins, englobant la transcriptomique, la métabolomique et les données cliniques. Les transcriptomes des cellules B purifiées et des cellules du sang total ont été analysés à l’aide de DESeq et de GSEA. Les changements de pics métabolomiques dans le plasma et l’urine ont été quantifiés et annotés à l’aide de la base de données Ceu Mass Mediator. Les sources communes de variation ont été identifiées à l’aide de l’analyse d’intégration MOFA.

Le macroenvironnement cellulaire était enrichi en cytokines, en réponses au stress, en voies de synthèse/mobilité lipidique et en dégradation des nucléotides. Les cellules B partagent ces voies, à l’exception de la dégradation des nucléotides qui est déviée vers la voie de récupération des nucléotides, et se distinguent par la glycosylation, et les protéines Schlafen. En outre, le récepteur LPAR6 a été identifié uniquement dans les lymphocytes B, et sa surexpression est en accord avec l’augmentation des acides lysophosphatidiques dans le plasma. Ces derniers sont en plus essentiels dans le calcul des facteurs MOFA, car ils permettent de distinguer les patients atteints de LES des témoins.

Les cellules B ont montré des changements métaboliques partagés avec leur macroenvironnement et des changements uniques directement ou indirectement induits par la signalisation de l’IFN-α. Les Résultats mettent en évidence une importante déplétion en nucléotides dans les cellules immunitaires, suggérant que les lymphocytes B font face à cette déficience en activant des mécanismes de recyclage tels que la voie de récupération. De plus, la présence accrue de LPA dans le plasma, associée à l’augmentation du récepteur LPAR6 uniquement dans les lymphocytes, suggère une interaction entre eux, et donc un rôle potentiel dans la pathologie.

Cette étude souligne l’importance de comprendre l’interaction entre les cellules B et leur macroenvironnement au cours du LES. Des altérations métaboliques systémiques et plus spécifiques des lymphocytes B ont été mises en évidence, ce qui suggère de nouvelles cibles métaboliques pour le traitement en rééduquant le métabolisme des patients. La recherche qui a conduit à ces Résultats a reçu le soutien du Innovative Medicines Initiative Joint de l’Union Européenne (FP7/2007-2013) et des entreprises de l’EFPIA (#115565).