Le microbiote intestinal joue un rôle majeur dans le maintien de l'homéostasie digestive, immunitaire et métabolique. Son implication croissante dans de nombreuses pathologies digestives et extradigestives a suscité un intérêt considérable, ces vingt dernières années. Depuis l'essai de van Nood en 2013, la transplantation de microbiote fécal (TMF) s'est imposée comme une option thérapeutique efficace dans l'infection récidivante à Clostridioides difficile , dont elle réduit significativement le risque de rechute. Cet article fait l'état des lieux sur les fondements physiopathologiques du microbiote, les mécanismes de la dysbiose et la place actuelle de la TMF en médecine. En 2025, la TMF ne dispose que d'une seule indication validée : le traitement des infections à C. difficile , notamment à partir de la deuxième récidive ou dans certaines formes sévères. Dans d'autres pathologies, telles que les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, le syndrome de l'intestin irritable ou les troubles métaboliques, les résultats restent hétérogènes et ne permettent pas de recommander la TMF en pratique courante. Son utilisation est, par ailleurs, limitée par des contraintes organisationnelles, une variabilité importante du microbiote des donneurs et un effet thérapeutique transitoire. De nouvelles approches émergent pour moduler plus finement le microbiote, notamment les probiotiques de nouvelle génération ou les thérapies ciblant les voies métaboliques microbiennes.