Maladie endémique, du grec « endêmon nosêma », signifie maladie enracinée dans un écosystème particulier. Il s'agit exclusivement de maladies infectieuses, enracinées par leurs réservoirs de virus (agents pathogènes au sens large). Des facteurs géoclimatiques et environnementaux, le sous-développement et des comportements humains favorisent cet enracinement. Les grandes endémies représentent des problèmes de santé publique à vulnérabilité variable selon l'endémie. Le concept de grande endémie (GE) est né en Afrique subsaharienne. Les GE africaines comprennent, en ce début de xxi^e siècle, des affections faisant intervenir un vecteur comme le paludisme ou la fièvre jaune, ou un hôte intermédiaire avec les bilharzioses ; les facteurs géoclimatiques sont ici prépondérants pour expliquer l'enracinement en zone intertropicale. D'autres GE sont surtout liées au sous-développement et aux comportements humains : les infections par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), l'hépatite virale B, la tuberculose, l'ulcère de Buruli, les tréponématoses endémiques, le choléra, la méningite à méningocoque. Dans les pays développés, quatre maladies infectieuses peuvent être considérées comme GE : l'infection à VIH, l'hépatite C, la grippe et les infections nosocomiales. L'étude de l'évolution des GE permet de les classer en plusieurs catégories : les GE persistantes, pour lesquelles on n'observe pas de réels progrès en termes de réduction de morbidité et de mortalité (paludisme, hépatite virale B en Afrique, grippe dans les pays industrialisés) ; les GE en recrudescence, comme par exemple la fièvre jaune en Afrique ; les GE en extension avec, en Afrique, les bilharzioses, le choléra, la méningite à méningocoque, la tuberculose, la dengue, et dans les pays développés, les infections nosocomiales. Certaines endémies sont en régression comme la trypanosomiase humaine africaine, la dracunculose, l'onchocercose en Afrique de l'Ouest. Les infections à VIH et par le virus de l'hépatite C (cosmopolite), des fièvres hémorragiques virales comme celle à virus Ebola, l'ulcère de Buruli (Afrique tropicale) peuvent être qualifiées de GE émergentes. Faire régresser les GE actuelles à un niveau suffisamment bas pour qu'elles ne représentent plus un problème de santé publique devrait être l'objectif principal en ce début du xxi^e siècle.