Les mycobactéries acquises dans l'environnement se distinguent du bacille tuberculeux par leur non-contagiosité interhumaine. Elles n'en causent pas moins des infections pulmonaires sévères, des disséminations systémiques chez les immunodéprimés, des infections ganglionnaires et des tissus mous. Grâce aux progrès des techniques génotypiques, leur identification est maintenant précise, et ne recourt plus aux vieilles classifications (Runyon) bactériologiques. Vu la multiplicité de ces mycobactéries, il est plus aisé de les diviser en germes à croissance lente et en germes à croissance rapide, puis de se fonder sur l'identification précise du type. Le diagnostic n'est cependant pas simple, vu l'abondance de ces germes dans l'environnement : de nombreux isolats ne sont donc que de la contamination et non de la maladie ! Pour diagnostiquer une mycobactériose, des prélèvements répétés sont requis, ainsi que des critères bactériologiques et radiologiques rigoureux. Le traitement n'est pas aisé, car il varie d'un type à l'autre : il ne doit jamais être mis en route sans une certitude diagnostique. De plus, les médications sont multiples, toxiques, et doivent être administrées durant de longs mois. Ce chapitre reprend les recommandations de l'American Thoracic Society, qui fait autorité en ce domaine, ainsi que des données récentes de la littérature.