La prise en charge relève de centres hospitaliers spécialisés, permettant une collaboration entre gastroentérologues, pneumologues, oto-rhino-laryngologistes, microbiologistes, kinésithérapeutes, psychologues et diététiciennes. L'organisation des soins doit se faire au maximum à domicile, permettant une meilleure acceptation des soins contraignants et une limitation du risque nosocomial. Le suivi ambulatoire doit être régulier, mensuel chez les tout-petits, puis trimestriel ensuite. À chaque consultation, on doit pratiquer un examen cytobactériologique de l'expectoration et une spirométrie dès que possible. Un bilan annuel doit être fait en hôpital de jour, comprenant une radiographie de thorax, des épreuves fonctionnelles respiratoires (EFR), un examen cytobactériologique, une évaluation nutritionnelle précise (enquête diététique, dosages vitaminiques, stéatorrhée si infléchissement pondéral), et une hémoglobine glyquée. Une hyperglycémie provoquée par voie orale (HGPO) est préconisée tous les 2 ans à partir de 10 ans.