Les Recommandations et Références médicales ont été rédigées par des groupes de travail selon une méthode explicite. La méthode était basée sur la mise en évidence des niveaux de preuve scientifique, et en l'absence de preuve sur la recherche d'un accord professionnel, pour prendre en compte l'état des pratiques et les opinions des experts. Pour chaque thème, l'ANDEM (Agence nationale pour le Développement de l'Évaluation médicale) a constitué un groupe de travail réunissant diverses compétences. La parité du mode d'exercice (spécialistes et non spécialistes, CHU et CHG, libéraux, spécialistes et généralistes) et la répartition géographique ont été prises en compte. Une recherche bibliographique systématique et manuelle a été réalisée. Tous les documents ont été analysés par le chargé de projet du groupe de travail à l'aide de critères pour apprécier la qualité méthodologique et le niveau de preuve scientifique. Lorsque le niveau de preuve était insuffisant, un accord professionnel, exprimant une opinion admise par la profession médicale, était recherché. Certaines phrases ou certains paragraphes des textes étaient dactylographiés en caractère gras signifiant que les informations correspondantes reposaient sur un niveau de preuves élevé. L'analyse et la discussion des travaux de qualité publiés sur les sujets ont modifié sensiblement au cours des séances de travail l'avis des experts ; ces discussions ont facilité la formalisation d'un accord sur l'attitude diagnostique et/ou thérapeuique. Les textes ont été remis au comité médical paritaire national qui a défini des Références médicales opposables (RMO) dans le cadre conventionnel.

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