Le rejet étant de mieux en mieux maîtrisé, la problématique de la récidive de la maladie causale sur le greffon apparaît au premier plan après transplantation hépatique. La récidive de la maladie initiale sur le greffon est établie pour les cirrhoses d'origine virale B ou C, et pour le carcinome hépatocellulaire. La récidive des maladies biliaires (cholangite sclérosante primitive et cirrhose biliaire primitive) et auto-immunes est de diagnostic difficile et repose sur un faisceau d'arguments. La récidive virale B est prévenue par l'association immunoglobulines anti-HBs et antiviraux (lamivudine et adéfovir) alors que la récidive virale C est plus difficilement contrôlée. La période avant la transplantation hépatique est le moment de choix pour limiter le risque de récidive en éradiquant le virus de l'hépatite C et en s'assurant de la solidité du sevrage alcoolique. L'optimisation de la prise en charge permet de diminuer la récidive de la maladie alcoolique. Après la transplantation, la place du traitement antiviral C est en cours d'étude. L'immunosuppression idéale pour limiter la récidive virale C ou des maladies biliaires et auto-immunes n'est pas connue. Le seul traitement de la récidive est parfois la retransplantation hépatique.