Les stomatites bactériennes dites « spécifiques » regroupent les lésions qui peuvent être attribuées à un germe exogène bien défini. Les germes sont des coques et des bacilles à Gram positif et négatif, des bactéries anaérobies, des spirochètes, des mycobactéries et certaines bactéries particulières. L'accent est surtout mis, dans l'énumération des différentes maladies, sur les manifestations buccales. La syphilis et la tuberculose sont exclues, étant décrites en détail dans d'autres articles de l'EMC.