Les prescriptions d'antibiotiques sont parmi les plus fréquentes tandis que les mécanismes de résistance bactérienne ne cessent de se multiplier. Les conséquences en sont extrêmement importantes : toute antibiothérapie doit être efficace, ciblée, et respecter au mieux l'écologie bactérienne, ce qui implique qu'elle soit raisonnée et justifiée. La justification de l'antibiothérapie repose sur trois critères : la détermination du site infecté, celle du ou des germes supposés responsables de l'infection et celle du terrain sur lequel survient cette infection. Le choix de l'antibiothérapie dépend alors de la pharmacocinétique des différentes molécules, de leur spectre d'activité et de leur toxicité. Il ne doit plus être question de prescriptions à l'aveugle de couverture large qui participent à la sélection des bactéries résistantes de la flore commensale. La bonne pratique de la prescription d'antibiotiques passe nécessairement par une utilisation rationnelle basée sur l'analyse de l'infection à traiter, la prise en compte du terrain, la connaissance des molécules utilisées, l'épidémiologie bactérienne, et la compréhension des mécanismes et de l'évolution des profils de résistance.