Les microsporidies sont des parasites obligatoires intracellulaires qui infectent un grand nombre de vertébrés et d'invertébrés.

Ces parasites sont maintenant reconnus comme étant des pathogènes souvent rencontrés chez les sujets infectés par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH).

Le diagnostic des microsporidies est classiquement posé par l'examen direct en microscopie optique des prélèvements de selles ou de biopsies intestinales, mais l'identification d'espèce en microscopie optique est impossible. La détection de l'acide désoxyribonucléique (ADN) des microsporidies par polymerase chain reaction (PCR), dans les différents échantillons biologiques incluant les biopsies gastro-intestinales, est maintenant développée.

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