Le capillaire glomérulaire, de par sa structure, a une fonction de filtre branché entre l'espace sanguin et l'espace urinaire exposé aux macromolécules circulantes qui peuvent s'y déposer. La biopsie rénale a comme rôle de faire le diagnostic des glomérulonéphrites et des maladies systémiques auto-immunes et s'appuie toujours sur deux prélèvements techniqués en microscopie optique et en immunofluorescence. La microscopie électronique a des indications spécifiques. L'immunofluorescence qui identifie les dépôts immuns est nécessaire. C'est la biopsie qui a permis l'identification et la caractérisation des lésions, par exemple des nouvelles maladies virales apparues ces dix dernières années comme la cryoglobulinémie et le virus de l'hépatite C ou les lésions secondaires au virus BK en transplantation. Elle permet aussi de définir de nouveaux mécanismes ou de nouvelles règles diagnostiques comme la positivité du marqueur C4d dans le rejet humoral, et les atteintes glomérulaires liées aux immunoglobulines monoclonales. Par ailleurs les techniques récentes de biologie moléculaire en transplantation rénale vont permettre de mieux apparier donneur et receveur, d'intervenir sur le rejet de greffe en fonction de l'expression des gènes dans le tissu rénal.