Los antibióticos se cuentan entre los medicamentos prescritos con más frecuencia, aunque los mecanismos de resistencia siguen multiplicándose. Las consecuencias que se derivan de esto son muy relevantes: cualquier tratamiento antibiótico debe ser eficaz, prescribirse de forma dirigida y ha de respetar al máximo la ecología bacteriana. Ello supone un uso racional y justificado según tres criterios: la determinación de la localización infectada, la determinación del o los microorganismos supuestamente causantes de la infección y la de las características del paciente en el que ésta tiene lugar. Por tanto, la elección del antibiótico depende de la farmacocinética de las diversas moléculas, de su espectro de actividad y de su toxicidad. Ya no se deben prescribir a ciegas antibióticos de amplio espectro, que participan en la selección de las bacterias resistentes de la flora comensal. La buena práctica de la prescripción de antibióticos exige una actitud reflexiva que tenga en cuenta la infección, las características del paciente, el conocimiento de las moléculas utilizadas y de la epidemiología bacteriana, así como la comprensión de los mecanismos y de la evolución de los perfiles de resistencia.