I dati di biologia molecolare e di genetica hanno permesso, in questi ultimi 25 anni, di apportare alcuni chiarimenti riguardo ai fenomeni implicati nell'embriogenesi in generale, ma anche in particolare per ciò che riguarda gli organi che producono diversi citotipi ma provengono da un abbozzo primordiale comune. In particolare, ricordiamo il caso dell'asse ipotalamo-ipofisario: lo sviluppo dell'ipofisi, come quello dell'ipotalamo, è in effetti un modello particolarmente interessante nella misura in cui l'organo adulto ha origine dalla differenziazione di diversi citotipi a partire da un progenitore comune di natura ectodermica. Gli studi a riguardo insistono sull'importanza dei fattori di trascrizione e delle molecole di segnalazione. Entrambe sono implicate nel processo di segnalazione spaziale giocando su gradienti molecolari opposti. Esiste così, in particolare, una vera distribuzione combinatoria responsabile della doppia polarità rostrocaudale e dorsoventrale, in funzione della quale i citotipi si posizionano in sede in maniera specifica. Esistono peraltro processi di attivazione e di repressione a livello del codice trascrizionale, con possibilità di sovrapposizione più o meno completa, per alcuni dei geni bersaglio. Anche differenziazione e proliferazione cellulare sono sottoposte a questi tre fenomeni: attivazione, repressione, recupero. Va aggiunta la scoperta di un numero crescente di complessi di coregolazione che si integrano all'insieme dei segnali informativi a livello della trascrizione genica.