L’analyse transcriptomique est un outil supplémentaire pour explorer l’ensemble des gènes exprimés à un instant donné. Cet outil apporte une somme considérable d’informations ouvrant de nombreuses perspectives de recherche pour mieux démembrer les pathologies, mieux comprendre leur physiopathologie, et améliorer leur prise en charge à travers l’identification de marqueurs diagnostiques, pronostiques et de réponse aux traitements. À l’instar de la cancérologie, la rhumatologie utilise cet outil de plus en plus ce qui a permis de confirmer, de redécouvrir ou de mettre en évidence des mécanismes physiopathologiques, de mieux classer certaines pathologies et de montrer qu’il était possible d’identifier des profils d’expression capables de prédire l’évolution de telles ou telle pathologie ou de prédire la réponse à certains traitements. Le transcriptome rejoint les autres approches à grande échelle tels que la génomique structurale, la protéomique, le métabolome pour développer le concept de médecine personnalisée.