Les autoanticorps dirigés contre certains récepteurs cholinergiques peuvent être directement impliqués dans la pathogénie de différentes maladies auto-immunes. Leur présence est importante sur un plan diagnostique. Ainsi, les autoanticorps bloquant le récepteur nicotinique de l'acétylcholine sont détectés dans les myasthénies graves auto-immunes, les autoanticorps dirigés contre les récepteurs muscariniques de l'acétylcholine sont détectés dans les blocs de branches congénitaux et dans les myocardiopathies dilatées ; les anticorps dirigés contre les canaux calciques détectés dans le syndrome de Lambert-Eaton sont également présentés dans cet article, en élargissant la notion de « cholinergique ».