Les relations maternoembryonnaires et maternofœtales ne sont plus considérées comme conflictuelles, mais plutôt comme synergiques. Les intérêts de la mère et du fœtus sont concordants : pour engendrer un enfant sain, la mère doit être capable de se défendre contre les agressions qui pourraient émailler la grossesse, et le fœtus a intérêt à avoir une mère en bonne santé capable de lui fournir les substances et les cellules nécessaires à son développement et à sa future adaptation au monde. Dans l'utérus, la décidualisation de l'endomètre va permettre l'installation des différents composants du trophoblaste. Le trophoblaste doit pouvoir s'implanter et envahir les vaisseaux utérins pour assurer une bonne nutrition du fœtus. Le trophoblaste exprimant des antigènes d'histocompatibilité spécifiques est au centre des évènements. Il doit être assez agressif pour se mettre en place, mais il doit ensuite être arrêté pour ne pas nuire à la mère. C'est le trophoblaste, en attirant localement les différents effecteurs de l'immunité naturelle et spécifique avec lesquels il interagit, qui règle les événements. Plusieurs systèmes permettent à ce trophoblaste d'être toléré. Quel que soit le mécanisme de tolérance, le trophoblaste est au cœur de sa mise en place. En plus de cette tolérance, le système immunitaire participe à la qualité du microenvironnement nécessaire à l'implantation. Le microenvironnement changeant au cours de la grossesse, le système immunitaire est capable d'avoir selon le moment de la grossesse des réactions opposées : réactions inflammatoires pendant l'implantation, puis anti-inflammatoire jusqu'à la fin de la grossesse, et enfin reprise des phénomènes inflammatoires pour préparer et déclencher le travail. Une anomalie du calendrier, de la prééminence de tel ou tel mécanisme, peut être à l'origine de nombreuses pathologies de la grossesse comme l'avortement spontané, la prééclampsie, le retard de croissance intra-utérin.