Les mycobactéries sont classiquement partagées en 2 grands groupes : le groupe tuberculosis (MT) et les mycobactéries non tuberculeuses appelées parfois « atypiques » (MA). À ce jour plus de 80 espèces de MA ont été décrites ; certaines espèces sont toujours pathogènes, d'autres sont des saprophytes opportunistes ou des saprophytes non pathogènes. La tuberculose est l'infection mycobactérienne la plus répandue au monde, suivie de la lèpre et de l'ulcère de Buruli. Avant l'aire du SIDA, les MA étaient responsables d'infections pulmonaires (principalement dues à M. kansasii , M. intracellulare et M. avium ), cutanées ( M. marinum ) et d'adénopathies cervicales ( M. scrofulaceum chez les enfants). L'épidémie du SIDA a bouleversé ce tableau car 25 à 50 % des sidéens aux Etats Unis et en Europe sont infectés par les MA. Chez les patients immunodéficients, la dissémination est corrélée à la sévérité de l'immunosuppression. Le type de la réaction inflammatoire et le pronostic dépendent de l'agent infectieux et du statut immunitaire de l'hôte. Le diagnostic des infections mycobactériennes n'est pas toujours aisé, surtout chez les patients immunodéprimés atteints de nombreuses pathologies parfois associées. Une confrontation des données cliniques, radiologiques et bactériologiques est indispensable. L'identification en culture est l'examen de référence. L'examen anatomopathologique peut révéler une infection mycobactérienne méconnue. Il est plus rapide que la culture, présente une bonne spécificité et enfin, permet d'évaluer la pathogénicité d'une espèce mycobactérienne isolée en culture.

Mycobacteria species other than members of Mycobacterium tuberculosis complex are called non tuberculous mycobacteria (NTM) or “atypical” mycobacteria. To date, about 80 mycobacterial species have been described. They are usually opportunistic pathogens with variable degrees of virulence. Tuberculosis is the commonest mycobacterial disease in the world, followed by leprosy and Buruli ulcer. Before the AIDS epidemic, NTM diseases were confined to the lungs ( M. kansasii , M. intracellulare and M. avium ), the skin ( M. marinum ) or cervical lymph nodes ( M . scrofulaceum ). The outbreak of AIDS epidemic has dramatically changed the epidemiology of NTM diseases. Between 25 to 50% of AIDS patients in Europe and USA are infected with NTM. NTM infections are usually disseminated in patients with profound immunodeficiency. The inflammatory response and the prognosis of NTM diseases depend on the immunological status and the NTM species. Diagnosis may be difficult, especially in AIDS patients in whom numerous diseases are often associated. Diagnostic criteria involve clinical, radiological, microbiological and pathological findings. Identification of Mycobacterium species in cultures is the gold standard. Pathological examination has several interests: it may reveal an NTM disease, it provides a more rapid assessment of the infection than cultures, and helps to evaluate the virulence of NTM species identified by cultures.