Par interaction hôte-pathogène, on entend la réponse de l'organisme à un pathogène, qu'il y ait ou non une maladie infectieuse. La voie de l'infection peut être cutanée ou transcutanée (staphylocoque, virus herpès simplex [HSV], arbovirose, paludisme, par exemple), respiratoire (grippe, Covid, tuberculose, etc.), digestive (salmonelle, shigelle, entérobactérie, etc.), sexuelle (virus de l'immunodéficience humaine [VIH], HSV, syphilis, etc.) ou, plus rarement, verticale mère-enfant (VIH ou cytomégalovirus [CMV], par exemple). La notion de relations hôte-pathogènes fait d'abord appel à l'interaction de cellules différenciées de l'hôte : cellules épithéliales, cellules respiratoires, cellules M, puis cellules endothéliales et cellules de l'immunité (monocytes/macrophages, mastocytes, polynucléaires, cellules dendritiques, lymphocytes) avec des pathogènes qui peuvent être des bactéries -  parfois toxiniques  - , des virus, des parasites -  protozoaires ou helminthes  - ou des mycètes. Malgré l'avènement des antibiotiques et l'amélioration des conditions sanitaires, les maladies infectieuses représentent la sixième cause de mortalité des populations les plus aisées en 2019, avant la pandémie de Covid-19. Les interactions hôte-pathogène prennent place dès les premiers contacts avec le micro-organisme qui va causer la maladie. Les premières défenses sont d'ordre mécanique, chimique ou biologique. Le système immunitaire prend ensuite le relais et permet l'acquisition d'une mémoire immunitaire.