Il carattere cronico e recidivante della malattia di Crohn fa sì che almeno l'80% dei pazienti faccia ricorso prima o poi alla chirurgia. Questo rischio dipende dalla sede della malattia, più frequente nel tenue e meno a carico del colon-retto. Il chirurgo deve ricordare che l rischio di recidiva deve far prevalere il concetto del risparmio dell'intestino. La corticoterapia e la denutrizione sono fattori di rischio di morbilità post-operatoria. Le lesioni dell'intestino tenue vengono trattate con resezioni o con stritturoplastiche. Le indicazioni alla resezione sono le stenosi, le masse infiammatorie e le fistole sintomatiche dopo insuccesso del trattamento medico. La presenza di un ascesso rappresenta un'indicazione alla puntura e/o al drenaggio radio-guidato. L'intervento viene programmato dopo un breve intervallo in caso di persistenza dei sintomi relativi all'ostruzione o alla fistola spesso associata. Le indicazioni alle stritturoplastiche sono le lesioni diffuse con stenosi stadiate, le stenosi in pazienti già sottoposti a resezioni intestinali e le recidive precoci sotto forma di stenosi nell'anno che segue una resezione. Le lesioni colorettali vengono trattate a seconda della loro estensione con delle colectomie segmentarie, subtotali o totali con ileostomia. La coloproctectomia totale con anastomosi ileo-anale è controindicata nella malattia di Crohn. In urgenza l'indicazione principale alla colectomia è la presenza di colite grave resistente al trattamento medico o, più di rado, a una perforazione del colon o a una grave emorragia. Urgenze a parte, l'indicazione proviene principalmente dalle coliti refrattarie al trattamento medico, dalle lesioni stenosanti sintomatiche o dalle stenosi non oltrepassabili dall'endoscopio. Nelle malattie di Crohn con storia maggiore ai 15-20 anni, la presenza di un cancro può essere indicata dalla presenza di una stenosi breve. La presenza di displasia o di un tumore conclamato sono indicazioni formali all'intervento. Il ruolo delle stomie è ridotto.