Clostridium difficile est responsable de 15 à 25 % des diarrhées postantibiotiques, et de plus de 90 % des cas de colites pseudomembraneuses. Le diagnostic de ces infections repose soit sur l'isolement d'une souche toxinogène dans les selles, soit sur la mise en évidence directe des toxines par le test de cytotoxicité (toxine B) ou par des tests immunoenzymatiques (toxine A). La détection d'un antigène spécifique (glutamate déshydrogénase) de C. difficile peut être utilisée comme une méthode de dépistage, mais un résultat positif ne prédit pas le caractère toxinogène de la souche. Il n'est pas nécessaire de réaliser l'antibiogramme en routine, car les souches sont habituellement sensibles au métronidazole ou à la vancomycine.

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