Les entérocoques possèdent de nombreuses résistances naturelles auxquelles peuvent s'ajouter des résistances acquises, en particulier à la gentamicine et à la vancomycine. Enterococcus faecalis est resté uniformément sensible à l'ampicilline et certaines souches ont acquis des résistances de haut niveau à la gentamicine. L'espèce Enterococcus faecium est intermédiaire ou résistante naturellement à l'ampicilline. Certaines souches ont acquis des résistances à la vancomycine.