Les techniques classiques d'électrophorèse en gel d'agarose sont bien adaptées à la séparation des fragments d'ADN dont la taille est inférieure à 30 000 paires de bases. Au-delà, l'encombrement spatial des molécules d'ADN est tel qu'il gêne leur progression dans les gels d'agarose couramment utilisés. Les techniques d'électrophorèse en champ pulsé permettent, en alternant l'orientation du champ électrique dans le gel, de faciliter la migration des molécules de grande taille. Ces techniques sont largement utilisées, notamment dans le cadre des approches d'épidémiologie moléculaire.

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