La réalisation d'un examen de bactériologie utile dépend étroitement de la qualité de la prescription et des conditions techniques de recueil et de transport de l'échantillon biologique. Dès l'étape de prescription il faut savoir si l'analyse demandée est à visée diagnostique ou épidémiologique. Pour une analyse à but diagnostique, les échantillons utiles sont habituellement ceux obtenus de manière invasive, ainsi que tous ceux pour lesquels on recherche, éventuellement par écouvillonnage, des bactéries nommément désignées. Pour une analyse à but épidémiologique, les échantillons utiles sont ceux provenant du revêtement superficiel ou d'aspirations trachéales par exemple, à condition que les bactéries à rechercher soient bien spécifiées et qu'une méthodologie stricte soit utilisée. La distinction entre ces deux grands types d'échantillons biologiques conditionne non seulement le mode de réalisation du prélèvement, mais aussi la technique d'analyse microbiologique à utiliser et l'interprétation des résultats.

La réalisation technique du prélèvement et son transport sont souvent complexes et nécessitent de se référer à un guide technique détaillé, édité par le laboratoire d'analyse. Un certain nombre de prélèvements souvent adressés au laboratoire de microbiologie apparaissent comme inutiles. Il est important de tenter d'obtenir des échantillons biologiques de qualité grâce à une collaboration clinicobiologique permanente. De plus, des renseignements administratifs et cliniques ainsi que des données sur les circonstances présidant au prélèvement sont absolument nécessaires pour réaliser une analyse bactériologique de qualité. Car de ces renseignements dépend étroitement la stratégie d'analyse utilisée par le bactériologiste. La gestion des non-conformités, encore trop fréquentes, est un outil qui doit être utilisé pour améliorer la qualité des échantillons biologiques avec l'aide des cliniciens. L'étape de prescription, celle du prélèvement et celle du transport représentent donc trois points critiques qui conditionnent de façon essentielle la qualité de l'analyse bactériologique.

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