Du fait des nombreux inconvénients des marqueurs phénotypiques, des méthodes de typage moléculaire analysant l'ADN lui-même ont rapidement été utilisées pour caractériser les principaux agents responsables d'infections nosocomiales (bactéries, virus, parasites, protozoaires). Le principe de ces méthodes repose soit sur la restriction enzymatique (profil de restriction enzymatique, ribotypage, électrophorèse en champ pulsé) soit sur l'amplification génomique de séquences connues (REP-PCR, ERIC-PCR, PCR ribotypage) ou inconnues (RAPD, AP-PCR). D'autres méthodes associent à la fois une étape de restriction et d'amplification (AFLP). Bien que les marqueurs génotypiques soient applicables à un grand nombre d'agents infectieux et soient capables, grâce à leur excellent pouvoir discriminant, de mettre en évidence leur polymorphisme, ces méthodes ne sont pas standardisées et peuvent générer des profils de bandes complexes à interpréter. Les avantages et inconvénients de chacune des méthodes sont présentés dans ce chapitre.

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