L'homocystéine (HCY) est un acide aminé soufré, synthétisé au cours du métabolisme de la méthionine avec comme principaux cofacteurs les vitamines B₉, B₆ et B₁₂. Depuis une vingtaine d'années, les données s'accumulent sur des modèles cellulaires in vitro, des modèles expérimentaux, et à partir d'études cliniques, suggérant qu'une hyperhomocystéinémie modérée est un facteur de risque indépendant pour le développement de thrombose veineuse (TV) mais également d'athérosclérose précoce. Sa recherche doit faire partie du bilan classique de thrombophilie en cas de thrombose, en particulier dans les sites inhabituels. Il n'en est pas de même des mutations de la méthyl-tétra-hydro-folate-réductase (MTHFR) en dehors des thrombophlébites cérébrales et des populations asiatiques chez qui un surrisque modéré mais significatif a été démontré. Il ne semble y avoir aucun intérêt à baisser les taux d'HCY par une vitaminothérapie en prophylaxie secondaire des événements thrombotiques chez le patient tout venant. Néanmoins, il semble sans doute préférable de traiter les patients présentant une hyperhomocystéinémie significative.